Đăng ký thuế ban đầu cho doanh nghiệp mới

Hoàn thiện nghĩa vụ thuế ban đầu là một trong những việc quan trọng nhất với doanh nghiệp vừa thành lập. Làm đúng và đủ ngay từ đầu giúp doanh nghiệp tránh bị xử phạt, không bị khoá mã số thuế và bảo đảm quyền xuất hoá đơn, khấu trừ thuế. Bài viết tổng hợp những nội dung cốt lõi của thủ tục thuế ban đầu theo pháp luật hiện hành.

Mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế

Theo cơ chế liên thông một cửa, khi doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp thì mã số doanh nghiệp đồng thời là mã số thuế. Nghị định 168/2025/NĐ-CP về đăng ký doanh nghiệp (có hiệu lực từ ngày 01/7/2025, thay thế Nghị định 01/2021/NĐ-CP) tiếp tục duy trì nguyên tắc này, đồng thời rút ngắn thời gian xử lý hồ sơ. Như vậy, doanh nghiệp không phải làm thủ tục đăng ký thuế riêng để xin cấp mã số thuế; mã số đã có ngay khi thành lập.

Lựa chọn phương pháp tính thuế giá trị gia tăng

Doanh nghiệp cần xác định phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) áp dụng cho mình: phương pháp khấu trừ hoặc phương pháp trực tiếp. Phương pháp khấu trừ thường phù hợp với doanh nghiệp có hoạt động đầu vào chịu thuế và muốn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Việc lựa chọn phương pháp ảnh hưởng đến loại hoá đơn sử dụng và cách kê khai, do đó nên cân nhắc kỹ ngay từ đầu, phù hợp với quy mô và lĩnh vực hoạt động.

Lưu ý quan trọng: bãi bỏ lệ phí môn bài từ 2026

Trước đây, một trong những việc đầu tiên của doanh nghiệp mới là kê khai và nộp lệ phí môn bài. Tuy nhiên, theo Nghị quyết 198/2025/QH15 của Quốc hội, việc thu, nộp lệ phí môn bài chấm dứt từ ngày 01/01/2026. Áp dụng cho mọi doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh, không phân biệt quy mô. Do đó, doanh nghiệp thành lập từ năm 2026 trở đi không phải thực hiện thủ tục kê khai, nộp lệ phí môn bài.

Đăng ký chữ ký số và tài khoản thuế điện tử

Hầu hết các nghĩa vụ thuế hiện nay được thực hiện điện tử. Doanh nghiệp cần:

• Mua và đăng ký chữ ký số với cơ quan thuế để ký các tờ khai, chứng từ điện tử.
• Đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử trên hệ thống của cơ quan thuế để kê khai, nộp thuế và tra cứu nghĩa vụ thuế.
• Đăng ký nộp thuế điện tử qua ngân hàng, gắn với tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp.

Đăng ký sử dụng hoá đơn điện tử

Hoá đơn điện tử là bắt buộc. Doanh nghiệp phải đăng ký sử dụng hoá đơn điện tử với cơ quan thuế theo Mẫu 01/ĐKTĐ-HĐĐT trước khi xuất hoá đơn. Quy định hiện hành theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ ngày 01/6/2025). Sau khi được cơ quan thuế chấp nhận, doanh nghiệp mới được phát hành hoá đơn cho khách hàng.

Chế độ kế toán và các tờ khai định kỳ

Doanh nghiệp lựa chọn chế độ kế toán phù hợp (doanh nghiệp nhỏ và vừa hoặc chế độ kế toán doanh nghiệp), bố trí người làm kế toán hoặc thuê dịch vụ. Về nghĩa vụ kê khai định kỳ theo Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Khai thuế GTGT: theo tháng hoặc theo quý tuỳ thuộc vào điều kiện về doanh thu và quy định áp dụng.
• Khai thuế thu nhập doanh nghiệp: tạm nộp theo quý và quyết toán theo năm.
• Khai thuế thu nhập cá nhân: khi chi trả thu nhập cho người lao động và phát sinh nghĩa vụ khấu trừ.
• Quyết toán năm: thực hiện quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp và thuế thu nhập cá nhân theo thời hạn luật định.

Thời hạn nộp các loại tờ khai

Luật Quản lý thuế 2019 quy định khá rõ thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, doanh nghiệp mới cần ghi nhớ để chủ động tuân thủ:

• Khai thuế theo tháng: chậm nhất là ngày thứ 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Khai thuế theo quý: chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Hồ sơ khai quyết toán thuế năm: chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính đối với hồ sơ quyết toán thuế năm.
• Quyết toán thuế thu nhập cá nhân của cá nhân trực tiếp quyết toán: chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 4 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch.

Việc nắm vững các mốc thời hạn này giúp doanh nghiệp tránh nộp chậm và bị tính tiền chậm nộp.

Hệ quả của việc chậm trễ

Việc không thực hiện hoặc thực hiện chậm các nghĩa vụ kê khai có thể dẫn đến bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế và tính tiền chậm nộp. Nghiêm trọng hơn, nếu cơ quan thuế xác minh doanh nghiệp không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc không tuân thủ nghĩa vụ kê khai, mã số thuế có thể bị chuyển sang trạng thái cảnh báo, ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng xuất hoá đơn và giao dịch.

Tóm lại, thủ tục thuế ban đầu của doanh nghiệp mới hiện nay đã đơn giản hơn nhờ liên thông mã số và bỏ lệ phí môn bài từ 2026, nhưng vẫn đòi hỏi doanh nghiệp chủ động chuẩn bị chữ ký số, tài khoản thuế điện tử, hoá đơn điện tử và tổ chức kế toán bài bản ngay từ những ngày đầu hoạt động.

Lưu ý: Nội dung bài viết chỉ mang tính chất tham khảo, không thay thế cho ý kiến tư vấn pháp lý chính thức đối với từng trường hợp cụ thể. Quy định pháp luật có thể thay đổi theo thời điểm áp dụng. Để được tư vấn chính xác, vui lòng liên hệ Công ty Luật TNHH MULTILAW — Hotline 0946 220 880.